1983年在原江蘇工學院農機分院組建農產品加工教研室，并創辦農產品加工工程本科專業;1997年學校組建生物與環境工程學院，設立食品科學與工程、制藥工程、生物技術、環境工程和安全工程等5個本科專業;2006年3月學校為進一步加強優勢學科建設，由原生物與環境工程學院食品科學與工程系、生物技術系和生物工程研究所組建現在的食品與生物工程學院。

　　學科建設：1986年獲批“農產品加工工程”碩士學位授予權，1993年獲批全國首個“農產品加工工程”博士點，1998年獲批全國首批“食品科學與工程”博士后流動站，2003年獲批“食品科學與工程”一級學科博士點、2003年獲批“生物化學與分子生物學”碩士點、2006年自主設立“食品營養與安全”二級學科博士點，1998年獲批“食品工程”工程碩士授權領域。“農產品加工及貯藏工程”是原機械部重點學科，江蘇省“九五”、“十五”、“十一五”重點學科、江蘇省“十一五”國家重點學科培育點。“食品科學與工程”2012年獲批江蘇省“十二五”一級重點學科。學科梯隊兩次被評為江蘇省優秀學科梯隊。2010年食品科學與工程學科獲江蘇省首批一級重點學科，2012年第三輪學科評估位居第8。2014年獲江蘇省優勢學科A類資助計劃。2015年全國博士后流動站評估獲優秀等級。2016年第四輪學科評估為B+學科。2018年獲江蘇省優勢學科B類資助計劃。目前本學科支撐的我校農業科學、工程學、材料科學和化學等4個學科進入ESI排名全球前1%。

　　本科教育：現有食品科學與工程、食品質量與安全和生物技術三個本科專業。“食品科學與工程專業”是江蘇省特色專業、江蘇省品牌專業、江蘇省重點專業，“食品加工機械與設備”和“食品現代檢測技術”獲批國家精品課程、國家級精品資源共享課，《食品機械與設備》、《食品加工機械與設備》、《食品現代檢測技術》和《食品工程原理》分別獲批“十一五”和“十二五”國家級規劃教材，《食品機械與設備》、《食品現代檢測技術》和《食品物性學》獲批“十二五”江蘇省高等學校重點教材，“食品與生物工程實驗室”獲批“江蘇省高校實驗教學示范中心”。2010年與英國利茲大學合作，舉辦2+2食品科學與工程國際課程實驗班。2018年與澳大利亞莫道克大學簽署了3+1本科生物專業合作辦學校際協議。

　　研究生教育：現設有食品科學與工程一級學科博士點和一級學科碩士點，與生命科學院共建生物學一級碩士點。曾獲得全國優秀博士學位論文1篇、全國優秀博士學位論文提名1篇、江蘇省優秀博士學位論文7篇、江蘇省優秀碩士學位論文5篇。2005年招收了我校第一位留學博士研究生，2010年至今的8年間共招收分別來自29個國家的博碩士留學研究生和留學博士后119人。

　　師資力量：現有教職工126人，其中專任教師110人。在110位專任教師中，正高31人、副高53人;具有博士學位教師103人、具有海外經歷教師55人;博導25人、碩導79人。獲省級以上榮譽教師50人次，其中江蘇省特聘教授3人、江蘇省教學名師1人。“食品物理加工技術與裝備團隊”2015年獲批江蘇省高等學校優秀科技創新團隊。

　　科學研究：在農產品食品無損檢測技術及智能裝備、食品物理加工技術及裝備、食品營養與健康、食品生物安全、食品生物工程及智能裝備等領域形成鮮明的研究特色。2006年學院組建以來，發表SCI論文500多篇、EI論文200多篇、授權發明專利200余件、獲得縱向科研經費1.2億元、政府資助的學科專業及平臺建設經費1.1億元、部省級以上及行業科學技術獎30余項，2008年獲得國家技術發明二等獎1項。建設有國家農產品加工技術裝備研發分中心、江蘇省農產品生物加工與分離工程技術研究中心、江蘇省食品物理加工重點實驗室、江蘇省食品智能制造工程技術研究中心、江蘇省食品智能制造裝備工程實驗室等5個省部級科研平臺。一大批成果成功實現產業化，產生了顯著的經濟效益和社會效益。

　　國際合作：按照學校開放辦學的思路，學院積極加強與國際同行的合作與交流雙方互派留學生與專家學者，共同培養研究生，共同申報和承擔國際合作研究項目。先后與美國加州大學、俄亥俄州立大學、英國利茲大學、日本三重大學、京都大學、加拿大Guelph大學、Saskatchwan大學、加拿大不列顛哥倫比亞大學等建立了長期友好合作關系。建立有中美鮮切產業研究院、中英農產品無損檢測聯合實驗室、中美谷物科學與營養聯合研究中心，是“世界食品保藏研究中心”的首批組建單位。