2022年8月，教育部和國務(wù)院國資委聯(lián)合正式啟動國家卓越工程師學(xué)院試點建設(shè)。首批國家卓越工程師學(xué)院試點牽頭建設(shè)單位一共18家，其中高校10家，分別是清華大學(xué)、北京航空航天大學(xué)、北京理工大學(xué)、浙江大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、上海交通大學(xué)、東南大學(xué)、華中科技大學(xué)、重慶大學(xué)以及西北工業(yè)大學(xué)，東南大學(xué)是江蘇省唯一首批試點牽頭建設(shè)單位；同時，中國航天科工集團、中國航空工業(yè)集團、中國船舶集團、中國兵器工業(yè)集團、中國電子科技集團、中國石油天然氣集團、中國寶武鋼鐵集團、中國信息通信科技集團等8家央企也入選首批試點牽頭建設(shè)單位。

學(xué)校于2023年6月成立實體化運行的東南大學(xué)國家卓越工程師學(xué)院（以下簡稱卓工學(xué)院）。于東南大學(xué)九龍湖校區(qū)南側(cè)啟用6000平方米辦學(xué)載體，為校企聯(lián)合培養(yǎng)人才提供實訓(xùn)實驗計算一體化平臺、校企課程培訓(xùn)交流場所。組建近20個崗位的管理團隊，負責(zé)思政、招生、培養(yǎng)、學(xué)位評定、學(xué)生管理、科研對接和平臺建設(shè)。構(gòu)建卓工學(xué)院的理事會負責(zé)制，采用“一校對多企”共建模式，根據(jù)國家重大戰(zhàn)略需要以及校企合作基礎(chǔ)設(shè)立五大板塊：強電板塊、弱電板塊、機電板塊、土建交板塊、江蘇板塊），首批邀請多家央企、國企和行業(yè)龍頭企業(yè)共建卓越工程師技術(shù)中心，結(jié)合東南大學(xué)多個工科學(xué)院的特色，按照“一院一企一中心”的布局，建設(shè)15個校企卓越工程師技術(shù)中心。

以“項目制”作為卓越工程師學(xué)院的招生、培養(yǎng)基本模式，面向重大工程、緊缺產(chǎn)業(yè)、卡脖子技術(shù)，根據(jù)政府引導(dǎo)和企業(yè)出題，學(xué)校遴選由院士、國家級高層次人才領(lǐng)銜的校內(nèi)導(dǎo)師團隊、以及由項目總工、總師、首席等工程人才領(lǐng)銜的校外導(dǎo)師團隊，并拔尖選拔免試研究生、考研優(yōu)秀生，共同開展有組織的科研技術(shù)攻關(guān)和人才聯(lián)合培養(yǎng)。2023年遴選集成電路、新一代信息通信技術(shù)、智慧能源、低碳建造、智慧交通等6個卓工項目，招收129名碩士。2024年遴選新一代人工智能技術(shù)、前沿交叉電子材料、電磁空間關(guān)鍵技術(shù)、毫米波亞毫米波技術(shù)等25個項目，招收295名碩士。成熟期卓越工程師培養(yǎng)培養(yǎng)規(guī)模達到1500人左右。面向重大需求、圍繞地方產(chǎn)業(yè)特色，推進蘇州、無錫、南通卓工專項。設(shè)計以“項目制”為基礎(chǔ)的工學(xué)交替培養(yǎng)模式，碩士研究生學(xué)制三年，在企業(yè)科研實踐累計不少于1年；博士研究生學(xué)制四年，在企業(yè)科研實踐累計不少于2年。統(tǒng)籌本碩博專業(yè)課程，聯(lián)合企業(yè)共同建設(shè)涵蓋相關(guān)領(lǐng)域的系列專業(yè)課程13門；參與教育部“卓工核心課程視頻庫”與“工程類專業(yè)學(xué)位研究生精品在線課程”建設(shè)工作，打造高質(zhì)量課程體系。以培養(yǎng)工程技術(shù)創(chuàng)新創(chuàng)造能力為核心，加快工程碩博士研究生成果評價體系改革。以提高核心技術(shù)攻關(guān)能力和獨立解決復(fù)雜工程技術(shù)問題能力為核心，將工程新技術(shù)研究、重大工程設(shè)計、新產(chǎn)品開發(fā)、新裝置研制等作為研究生畢業(yè)和學(xué)位授予的重要依據(jù)。

東南大學(xué)依托國家卓越工程師學(xué)院建設(shè)，培育核心導(dǎo)師團隊，開發(fā)核心課程，攻關(guān)核心技術(shù)，打造卓越工程師培養(yǎng)“樣板間”；實現(xiàn)校企共同招生、共同培養(yǎng)、共同選題、共享成果和師資互通、課程打通、平臺融通、政策暢通的“四共”“四通”機制，做實產(chǎn)教融合人才培養(yǎng)共同體，探索形成工程碩博士有組織聯(lián)合培養(yǎng)的新范式。未來將建成具有中國特色、世界一流的國家卓越工程師學(xué)院。